姓 名: 牛登科                  英文版主页：English Version
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ORCID: http://orcid.org/0000-0003-4503-2658

Researcher ID: http://www.researcherid.com/rid/B-6007-2008
Google Scholar citations: http://scholar.google.com/citations?user=p4HM9ywAAAAJ&hl=en
　

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个人自述

生于河北农村，长于河北农村。成年后在河北大学、兰州大学、武汉大学、中国科学院水生生物研究所、法国Universite Paul Sabatier, Toulouse III、北京师范大学等单位攻读学位、做博士后研究或工作。自从上研究生以来，学习过生物学的多个分支学科（但都没学好，目前在分子进化领域混口饭）、想到过一些稀奇古怪的idea（都很难检验）、获得过一些不值得提起的奖励（奖金对生活帮助还是很大的）、发表过一些几乎没人引用的论文（升学、就业、评职等还是有用的）、有了几年自我感觉良好的教学经历（不知道学生们评价如何），指导了几名研究生（但愿没有误人子弟）。现虽近不惑之年，轻狂之心犹在，甚好西方之达士之铭言，"识人所共识，思人所未思" (Discovery consists of seeing what everybody has seen and thinking what nobody has thought. by Albert von Szent-Gyorgyi)。

研究兴趣

对所有生命现象都感兴趣。限于个人精力和能力，目前主要研究

1、好氧厌氧等生境条件对基因组进化的影响，包括自由基对遗传物质的损伤、GC含量、密码子偏好、基因组大小等。

2、细胞器基因组的进化及其序列向细胞核转移的机理。线粒体、叶绿体等内共生进化的动力，细胞器基因组变小是突变偏好（deletion发生频率远高于insertion）还是适应性进化（变小带来某种进化上的优势） ？细胞器基因为什么会向细胞核转移？为什么绝大多数细胞器基因组的序列没有全部转移到细胞核中去？留在细胞器中的基因有什么特殊的？

3、内含子的起源与进化和基因组大小进化，包括内含子存在的代价和带来的好处、进化历史上基因丢失和获得内含子的机理，基因组大小的主要贡献组分（内含子和基因间隔序列、转座子、假基因等）存在的利弊，或是既无利也无弊；基因组大小是否与细胞大小、生长发育速度、代谢速率、个体大小等表型特征存在相关性，如果存在，背后的生物学机理是什么？即基因组大小怎样影响这些表型。从The Scientist介绍英国生物学家Laurence Hurst的文章中，看到这么几句话，The biggest question of all: Is the genome like an exquisitely engineered Swiss watch, in which carefully crafted parts fit together perfectly and every feature is optimized to function flawlessly? Or, as Hurst puts it, “is it just some cheap Mickey Mouse watch that'll tell you the time, but its components are poor-quality and it includes lots of crap that's frankly unnecessary?”。东施效颦一下，其实我感兴趣的也是这个biggest question。研究内含子进化，是因为我觉得内含子进化是这个biggest question相对容易的切入点。生物学初学者可能觉得，当然是前一种可能了。不对，不是当然。我过去也以为是当然，看到一些国际著名生物学家在Science上讲后一种可能时（生物复杂性=官场，上去了就下不来?），我还把这当作没有解释的解释。最近，相关知识多一些了，我才意识到，两种可能真的都应该认真对待。 

研究生培养

欢迎热爱生物学研究的同学报考我的研究生。编程水平要求不高，纯生物背景的同学学几个月就够了。请参考我的博客《学生物的，不会编程，也可以报考生物信息学的研究生》。特别声明：本人不排斥考研专业户。如果你把所考专业科目学得炉火纯青、登峰造极，考得高分，动手能力等其他方面差一些也没关系。但高分不能靠钻研往年试题考来的，而是应该考对两门课程知识熟练掌握来的。欢迎所有有志于以 下方向科学研究的同学报考。

硕士： 生态学一级学科，生物信息学，生态与进化基因组学，二者任何一个都可以。考试科目见北京师范大学招生简章。

博士：生态学一级学科，分子进化与比较基因组学方向。 考试科目见北京师范大学招生简章。

已毕业的硕士、博士研究生均找到了理想的工作或到国外理想的学校攻读博士学位、做博士后(包括Harvard Medical School, Yale University, Rice University, The University of Georgia, McMaster University, The University of Houston, Technische Universitaet München、北京生命科学研究所、中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所、中国农业科学院生物技术研究所、公安部物证鉴定中心、重庆邮电大学、山西大学、 北京市第四中学、首都师范大学附属密云中学、诺和诺德(中国)制药有限公司、新东方教育科技集团等)，详细情况见下面每一位毕业生的链接。

·    2003年入学：侯文茹

·    2004年入学：李姝玮、王海芳、冯靓、常姗姗

·    2005年入学：刘晓、李宁(2007年转博)

·    2006年入学：黄一飞、吕杰、张冰君、张蕾颖(2008年转博)

·    2007年入学：李宁（博士研究生）、郭文萍、刘金华

·    2008年入学：张蕾颖（博士研究生）、曹建立、杨宇飞(2010年转博)、都洪胜

·    2009年入学：李明、江丽（2011年转博）

·    2010年入学：杨宇飞（博士研究生）、朱涛 （2012年转博）、李雪楠

·    2011年入学：江丽（博士研究生）、唐帅、马明月

·    2012年入学：朱涛（博士研究生）、刘亨元、段文慧

·    2013年入学：马明月（博士研究生）、余浩源、周婷

·    2014年入学：李希希（博士研究生）

·    2015年入学：陈宏斌（博士研究生）、Sidra Aslam（博士研究生）、兰欣然

·    2016年入学：倪志华（博士研究生）、赵俊鹏

·    2017年入学：兰欣然（博士研究生）、周晓瑜、方成

·    2018年入学：胡恩泽（博士研究生）、陈政临、王俐

·    2019年入学：刘志玲（博士研究生）、高洁、石安然

·    2020年入学：陈政临（博士研究生）、赵天昊、陈颖

进修教师、访问学者

• 2014-2015：夏翃，首都医科大学生物医学工程学院

• 2015-2016：倪志华，河北大学生命科学学院

讲授课程

·    “生命科学概论”全校本科生公共选修课

·    “基因组学”生命科学学院研究生课程

主持科研项目

1、 国家自然科学基金面上项目，从受体的角度研究细胞器基因向细胞核基因组转移的机制，60万元，2017年1月至2020年12月，项目批准号：31671321。

2、 北京师范大学自主科研基金项目， 真核生物编码蛋白质基因内部结构进化，35万元，2014年9月至2017年8月，项目编号：2014KJJCB18。

3、 国家自然科学基金面上项目， 基因组大小与内含子进化的比较研究，80万元，2014年1月至2017年12月，项目批准号：31371283。

4、 国家自然科学基金面上项目，近缘物种间和物种内内含子数目变异的进化机制，35万元，2011年1月至2013年12月 ，项目批准号：31071112。

5、 教育部“新世纪优秀人才支持计划”，50万元，2008年1月至2010年12月。

6、 国家自然科学基金面上项目，多细胞生物起源及其与癌发生的比较研究，18万元，2003年1月至2005年12月 ，项目批准号：30270695。

社会服务

·     基因组蛋白质组与生物信息学报（Genomics, Proteomics & Bioinformatics）编委（2012-2019）, BMC Genomics 编委（2021-）。

·     为以下期刊评审稿件：Current Biology, Genome Biology, Microbiology and Molecular Biology Reviews, Trends in Genetics, PLoS Genetics, Nucleic Acids Research, Molecular Biology and Evolution, Genome Biology and Evolution, Plant Journal, Bioinformatics, BioEssays, BMC Evolutionary Biology, BMC Genomics, Journal of Molecular Evolution, Molecular Genetics and Genomics, Genetica, Scientific Reports, PLoS ONE, Marine Genomics, Frontiers in Plant Science, Frontiers in Genetics, Journal of Integrative Plant Biology, Horticulture Research, Hereditas, Evolutionary Bioinformatics, Current Genomics,  Cellular & Molecular Biology Letters, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Genes & Genomics, 科学通报、生物化学与生物物理进展、微生物学报、 生物物理学报、生物学通报等；评审稿件数量见附件。

·     为一些部门评审项目论文：国家自然科学基金委员会、科技部863项目、教育部（优秀博士论文）、美国国家科学基金National Science Foundation、奥地利Austrian Science Fund (FWF, Stand-alone Project)、以色列Ministry of Science, Culture and Sport (bi-national Israeli-French research program)、南非National Research Foundation, Research Chair program。

·     为本校或其他兄弟院校评审学位论文。

"The ultimate goal of scholarly scientific publishing (is) to advance our understanding of the natural world." (Alberts B et al. Reviewing peer review. Science 321: 15, 2008)

论文(注：论文版权分别属于不同出版社或作者，限非营利性个人使用 。这些论文被引用次数见我的ResearcherID B-6007-2008, http://scholar.google.com.cn/citations?user=p4HM9ywAAAAJ&hl=en&oi=ao)

1. Li X, Fang C, Zhao JP, Zhou XY, Ni Z, Niu DK (2020). Desiccation does not drastically increase the accessibility of exogenous DNA to nuclear genomes: evidence from the frequency of endosymbiotic DNA transfer. BMC Genomics 21: 452  [全文].https://doi.org/10.1186/s12864-020-06865-8.

2. Ni Z, Zhou XY, Aslam S, Niu DK (2019). Characterization of human dosage-sensitive transcription factor genes. Frontiers in Genetetics 10: 1208.  [全文]. https://doi.org/10.3389/fgene.2019.01208.

3. Aslam S, Lan XR, Zhang BW, Chen ZL, Wang L, Niu DK (January 2019). Aerobic prokaryotes do not have higher GC contents than anaerobic prokaryotes, but obligate aerobic prokaryotes have. BMC Evolutionary Biology 19: 35  [全文].https://doi.org/10.1186/s12862-019-1365-8.

4. Chen H, Wang Q, Yin Y, Li S, Niu DK, Wang H (April 2018). Genotypic variations between wild-type and small colony variant of Staphylococcus aureus in prosthetic valve infectious endocarditis: a comparative genomic and transcriptomic analysis. International Journal of Antimicrobial Agents 51: 655-658  [全文].https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2017.12.006.

5. Ma MY, Lan XR, Niu DK (July 2016). Intron gain by tandem genomic duplication: a novel case in a potato gene encoding RNA-dependent RNA polymerase. PeerJ 4: e2272  [全文].https://doi.org/10.7717/peerj.2272.

6. Ma MY, Che XR, Porceddu A and Niu DK (December 2015). Evaluation of the mechanisms of intron loss and gain in the social amoebae Dictyostelium. BMC Evolutionary Biology 15: 286 [全文] http://dx.doi.org/10.1186/s12862-015-0567-y.

7. Ma MY, Zhu T, Li XN, Lan XR, Liu HY, Yang YF and Niu DK (May 2015). Imprecise intron losses are less frequent than precise intron losses but are not rare in plants. Biology Direct 10: 24. [全文] http://dx.doi.org/10.1186/s13062-015-0056-7.

8. Jiang L, Li XN and Niu DK (June 2014). Higher frequency of intron loss from the promoter proximally paused genes of Drosophila melanogaster: Evidence consistent with delays in intron splicing as a selective force. Fly 8: 120-125 [全文] http://dx.doi.org/10.4161/fly.29489.

9. Yang YF, Zhu T and Niu DK (April 2013). Association of intron loss with high mutation rate in Arabidopsis: Implications for genome size evolution. Genome Biology and Evolution 5: 723-733 [全文] doi: 10.1093/gbe/evt043.(研究论文) 本文得到F1000专家Victor Norris和John Herrick推荐为“Very Good”，.

10. Zhu T and Niu DK (April 2013). Mechanisms of intron loss and gain in the fission yeast Schizosaccharomyces. PLOS ONE 8: e61683.[全文] doi:10.1371/journal.pone.0061683. (研究论文)

11. Zhu T and Niu DK (March 2013). Frequency of intron loss correlates with processed pseudogene abundance: a novel strategy to test the reverse transcriptase model of intron loss. BMC Biology 11: 23. [全文]doi:10.1186/1741-7007-11-23 (研究论文)

12. Niu DK and Jiang L (January 2013). Can ENCODE tell us how much junk DNA we carry in our genome? Biochemical and Biophysical Research Communications 430: 1340-1343.[全文](观点评论)

13. Niu DK and Yang YF (May 2011). Why eukaryotic cells use introns to enhance gene expression: Splicing reduces transcription-associated mutagenesis by inhibiting topoisomerase I cutting activity. Biology Direct 6: 24 doi:10.1186/1745-6150-6-24. [全文](观点假说)

14. Hou WR, Li M and Niu DK (October 2011). Counting citations in texts rather than reference lists to improve the accuracy of assessing scientific contribution. BioEssays 33: 724-727. [全文](研究论文)此文被BioEssays专门Highlight了一下：Making a deeper impact: How to measure your actual scientific footprint? 国际同行的后续研究，"By asking authors to identify the key references in their own work, we created a data set in which citations were labeled according to their academic influence. Using automatic feature selection with supervised machine learning, we found a model for predicting academic influence that achieves good performance on this data set using only four features. The best features, among those we evaluated, were those based on the number of times a reference is mentioned in the body of a citing paper....One of our main results is that counting the number of times a paper is cited (countsInPaper_whole) is one of the best predictors of how influential a reference is. This confirms an earlier result by Hou et al. (2011, p. 726) who stated,... " 

15. Zhang LY, Yang YF and Niu DK (December 2010). Evaluation of models of the mechanisms underlying intron loss and gain in Aspergillus fungi. Journal of Molecular Evolution 71:364-373. [全文](研究论文)

16. Niu DK and Cao JL (August 2010). Nucleosome deposition and DNA methylation may participate in the recognition of premature termination codon in nonsense-mediated mRNA decay. FEBS Letters 584: 3509-3512.[全文](观点假说)

17. Li N, Lv J and Niu DK (March 2009). Low contents of carbon and nitrogen in highly abundant proteins: Evidence of selection for the economy of atomic composition. Journal of Molecular Evolution 68: 248-255. [全文] (研究论文)

18. Niu DK (November 2008). Exon definition as a potential negative force against intron losses in evolution. Biology Direct 3: 46 doi:10.1186/1745-6150-3-46. [全文] (观点假说)

19. Lv J, Li N and Niu DK (October 2008). Association between the availability of environmental resources and the atomic composition of organismal proteomes: Evidence from Prochlorococcus strains living at different depths. Biochemical and Biophysical Research Communications 375: 241-246. [全文] (研究论文)

20. Wang HF, Hou WR and Niu DK (June 2008). Strand compositional asymmetries in vertebrate large genes. Molecular Biology Reports 35: 163-169. [全文] (研究论文)

21. Huang YF and Niu DK (May 2008). Evidence against the energetic cost hypothesis for the short introns in highly expressed genes. BMC Evolutionary Biology 8: 154. [全文] (研究论文)

22. Li SW, Feng L and Niu DK (August 2007). Selection for the miniaturization of highly expressed genes. Biochemical and Biophysical Research Communications 360: 586-592. [全文] (研究论文) 我们在这篇文章上倾注了大量心血，对研究结果也很满意。但此文投稿过程颇为曲折，历经多种期刊、无数次修改，见识了形形色色的审稿意见，当然从中我们也学到了很多。

23. Niu DK (April 2007). Protecting exons from deleterious R-loops: a potential advantage of having introns. Biology Direct 2: 11. [全文] (观点假说)

24. Feng L and Niu DK (February 2007). Relationship between mRNA stability and length: An old question with a new twist. Biochemical Genetics 45: 131-137. [全文] (研究论文)

25. Wang HF, Feng L and Niu DK (March 2007). Relationship between mRNA stability and intron presence. Biochemical and Biophysical Research Communications 354: 203-208. [全文]. (研究论文) 很高兴，最近J. Biol. Chem.上发表的一篇实验论文证实了我们计算的结果，“The half-life of KC mRNA was markedly prolonged when the primary transcript was obtained from a genomic clone containing three introns as compared with the half-life observed with sequence-identical KC mRNA derived from an intron-free cDNA construct….“

26. Hou WR, Wang HF and Niu DK (June 2006). Replication-associated strand asymmetries in vertebrate genomes and implications for replicon size, DNA replication origin and termination. Biochemical and Biophysical Research Communications 344: 1258-1262. [全文] (研究论文)

27. Niu DK (November 2005). Low-level illegitimate transcription of genes may be to silence the genes. Biochemical and Biophysical Research Communications 337: 413-414. [全文] (观点假说)

28. Niu DK, Hou WR and Li SW (June 2005). mRNA-mediated intron losses: Evidence from extraordinarily large exons. Molecular Biology and Evolution 22: 1475-1481. [全文]  (研究论文)

29. Song L, Niu DK, Lei L, Ou D, Gevrey M, Liu Y, Hou G and Lek S (2004). Predictive model of algal blooms in Dianchi Lake using artificial neural networks. The Japanese Journal of Phycology 52: S41-S47. (研究论文)

30. Niu DK, Lin K and Zhang DY (September 2003). Strand compositional asymmetries of nuclear DNA in eukaryotes. Journal of Molecular Evolution 57: 325-334. [全文] (研究论文)

31. Niu DK, Chen JK and Liu YD (March 2001). Margulis' theory on division of labor in cells revisited. Acta Biotheoretica 49: 23-28. [全文] (研究论文)

32. Niu DK and Chen JK (1998). Origin of cancerous cells from tumour. Acta Biotheoretica 46: 379-381. [全文] (观点假说)

33. Niu DK and Chen JK ( July 1997). Evolutionary advantages of cell specialization: Save and protect DNA. Journal of Theoretical Biology 187: 39-43. [全文] (观点假说)

34. Niu DK, Wang MG and Wang YF (June 1997). Plant cellular osmotica. Acta Biotheoretica 45: 161-169. [全文] (观点假说)

35. Niu DK and Wang YF (September 1995). Why animals have tumours. Acta Biotheoretica 43: 279-280. [全文] (观点假说) 第一作者现在自己认为此文中关于肿瘤的假说正确的可能性微乎其微，请读者慎重引用。

36. 倪建福，周文麟，牛登科等. (1995). 长穗偃麦草DNA导入小麦后代变异系醇溶蛋白的研究。西北植物学报 15(5): 21-24。(研究论文)

37. 王鸣刚，牛登科等. (1995). 小麦耐盐变异体的筛选。II. 小麦耐盐细胞系的筛选及生理生化特性的分析。西北植物学报 15(5): 15-20。(研究论文)

38. 高清祥，王鸣刚，牛登科等. (1995). 离体筛选小麦变异系的研究。西北植物学报 15(8): 144-152。 (研究论文)

39. 裴新梧，倪建福，仲乃琴，牛登科. (1995). 用改良缺体回交选育小麦──黑麦异代换系。甘肃农业科技 1995(5): 3-4。(研究论文)

说明：本人发表或与他人合作发表的观点假说类论文，只是提出一种前人没有注意到的可能性。发表此类论文的意义在于为相关研究人员提个醒。

个人简历

·         2003年8月至今在北京师范大学生命科学学院工作，2003年9月至2008年8月任副教授，2008年9月至今任教授。

·         2001年11月2003年8月在北京师范大学生命科学学院生态研究所做博士后研究。

·         2000年9月至2001年8月在法国国家研究部得资助下在法国国家研究中心(CNRS)-图卢兹第三大学(Universite Paul Sabatier, Toulouse III)的联合实验室CESAC做博士后合作研究。

·         1999年7月至2001年11月在中国科学院水生生物研究所进行博士后研究，2001年11月获得中国科学院副研究员任职资格。

·         1996年9月至1999年7月在武汉大学生命科学学院植物学专业学习，获理学博士学位。

·         1993年9月至1996年7月在兰州大学生物学系细胞生物学专业学习，获理学硕士学位。

·         1989年9月至1993年7月在河北大学生物学系微生物及生化专业学习， 获理学学士学位。

·         1971年生于河北农村。