Laboratory of Computational Biology

College of Life Sciences, Beijing Normal University

 

 

 

 

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基因组学 0, 1, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, S1, S2, S3, S4.

 

生命科学概论 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12

 

生物科学史讲座 1, 2, 3, 4, 5, 6

 

奥赛讲座

 

精彩、经典论文推荐

 

友情链接:

Dan Graur的博客对很多生物学问题,这位老先生都喜欢参与争论,包括junk DNA、转基因等,值得关注

Genomicron(T. Ryan Gregory的博客,主要讨论进化生物学问题,如Does junk DNA protect against mutation,进化生物学知识积累像我这样以及比我还少的科研人员,应该关注此网站)

 

Genomics, Proteomics & Bioinformatics publishes papers from all over the world in the fields of genomics, proteomics and bioinformatics. The Journal aims to achieve fast science broadcasting by publishing efficiently. For manuscripts submitted to GPB, direct rejection, direct acceptance or further review will be decided within 5 days. 

 

 

英文论文写作

如何选择恰当表述

用英文写论文时,经常不知如何表述。过去我们采取的做法是把想到的多种表述输入到google中,看哪一种出现频率高,哪一种就留下来。但这样做偶尔有问题,就是无法区分专业习惯和日常用语。最近,Springer出版集团推出了Exemplar。这是从学术论文中查找。用户甚至可以限定期刊,以便你查到的表述方式符合特定领域研究人群的习惯详见本人博客

 

措辞表述精选

我们在英文专业论文的写作中经常不知道如何表达,或者感觉自己的表述非常笨拙。从上个月开始,每次看到欧美英语国家的作者发表的论文,我都把语言上可以借鉴之处摘录下来。今后此网页会不断补充。供我本人和大家今后写作时参考。鉴于本人的英语水平有限,也许会存在判断失误,借鉴时请慎重。

重要提示:写英文论文不能大段抄袭他人论文,即使是前言和讨论也不可以。我的判断是仅用网页中红色字体内容还可以,也就是借鉴最好别超过半句话。

 

易混淆英文词汇辨析

 

Web of Science高级检索

 

姓 名: 牛登科                  英文版主页English Version
电 邮:
dkniu@bnu.edu.cn, dengkeniu@hotmail.com

电 话: +86-(0)10-5880 2064   无钱无权,请勿来电推销仪器设备;有时间有耐心,欢迎来电讨论生物学问题。

通信地址: 北京师范大学 生命科学学院 邮政编码:100875  可以发送广告给我,但不要惹人烦,我会建个烦人公司黑名单,详情见博客

科学网博客:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=61772

ORCID: http://orcid.org/0000-0003-4503-2658

Researcher ID: http://www.researcherid.com/rid/B-6007-2008
Google Scholar citations: http://scholar.google.com/citations?user=p4HM9ywAAAAJ&hl=en
 

网页导航:究生培养  讲授  趣、治学理念和科研项目  会服 本课题组发表的论文  个人简  重要文献推荐


个人自述

生于北农村,长于河北农村。成年后在河北大学、兰州大学、武汉大学、中国科学院水生生物研究所、法国Universite Paul Sabatier, Toulouse III、北京师范大学等单位攻读学位、做博士后研究或工作。自从上研究生以来,学习过生物学的多个分支学科(但都没学好,目前在分子进化领域混口饭)、想到过一些稀奇古怪的idea(都很难检验)、获得过一些不值得提起的奖励(奖金对生活帮助还是很大的)、发表过一些几乎没人引用的论文(升学、就业、评职等还是有用的)、有了几年自我感觉良好的教学经历(不知道学生们评价如何),指导了几名研究生(但愿没有误人子弟)。现虽近不惑之年,轻狂之心犹在,甚好西方之达士之铭言,"识人所共识,思人所未思" (Discovery consists of seeing what everybody has seen and thinking what nobody has thought. by Albert von Szent-Gyorgyi)

 

研究兴趣

对所有生命现象都感兴趣。限于个人精力和能力,目前主要研究

1、内含子的起源与进化,包括内含子存在的代价和带来的好处、进化历史上基因丢失和获得内含子的机理等。从The Scientist介绍英国生物学家Laurence Hurst的文章中,看到这么几句话,The biggest question of all: Is the genome like an exquisitely engineered Swiss watch, in which carefully crafted parts fit together perfectly and every feature is optimized to function flawlessly? Or, as Hurst puts it, “is it just some cheap Mickey Mouse watch that'll tell you the time, but its components are poor-quality and it includes lots of crap that's frankly unnecessary?”。东施效颦一下,其实我感兴趣的也是这个biggest question。研究内含子进化,是因为我觉得内含子进化是这个biggest question相对容易的切入点。生物学初学者可能觉得,当然是前一种可能了。不对,不是当然。我过去也以为是当然,看到一些国际著名生物学家在Science上讲后一种可能时(生物复杂性=官场,上去了就下不来?),我还把这当作没有解释的解释。最近,相关知识多一些了,我才意识到,两种可能真的都应该认真对待。 

2、基因组大小进化,关心基因组大小的主要贡献组分(内含子和基因间隔序列、转座子、假基因等)存在的利弊,或是既无利也无弊;基因组大小是否与细胞大小、生长发育速度、代谢速率、个体大小等表型特征存在相关性,如果存在,背后的生物学机理是什么?即基因组大小怎样影响这些表型。

3、细胞器基因组的进化及其序列向细胞核转移的机理。线粒体、叶绿体等内共生进化的动力,细胞器基因组变小是突变偏好(deletion发生频率远高于insertion)还是适应性进化(变小带来某种进化上的优势) ?细胞器基因为什么会向细胞核转移?为什么绝大多数细胞器基因组的序列没有全部转移到细胞核中去?留在细胞器中的基因有什么特殊的?

 

究生培养

欢迎热爱生物学研究的同学报考我的研究生。编程水平要求不高,纯生物背景的同学学几个月就够了。请参考我的博客《学生物的,不会编程,也可以报考生物信息学的研究生》。特别声明:本人不排斥考研专业户。如果你把所考专业科目学得炉火纯青、登峰造极,考得高分,动手能力等其他方面差一些也没关系。但高分不能靠钻研往年试题考来的,而是应该考对两门课程知识熟练掌握来的。欢迎所有有志于以 下方向科学研究的同学报考。

硕士: 生态学一级学科,生物信息学专业和进化生物学专业考试科目见北京师范大学招生简章

博士:生态学一级学科,分子进化与比较基因组学方向 考试科目见北京师范大学招生简章

已毕业的硕士、博士研究生均找到了理想的工作或到国外理想的学校攻读博士学位、做博士后(包括Harvard Medical School, Yale University, Rice University, The University of Georgia, McMaster University, The University of Houston, Technische Universitaet München、北京生命科学研究所中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所中国农业科学院生物技术研究所公安部物证鉴定中心 北京市第四中学首都师范大学附属密云中学诺和诺德(中国)制药有限公司新东方教育科技集团),详细情况见下面每一位毕业生的链接

·    2003年入学:侯文茹

·    2004年入学:李姝玮王海芳冯靓常姗姗

·    2005年入学:刘晓、李宁(2007年转博)

·    2006年入学:黄一飞吕杰张冰君、张蕾颖(2008年转博)

·    2007年入学:李宁(博士研究生)郭文萍刘金华

·    2008年入学:张蕾颖(博士研究生)、曹建立杨宇飞(2010年转博)都洪胜

·    2009年入学:李明、江丽(2011年转博)

·    2010年入学:杨宇飞(博士研究生)、朱涛 (2012年转博)、李雪楠

·    2011年入学:江丽(博士研究生)、唐帅、马明月

·    2012年入学:朱涛(博士研究生)、刘亨元段文慧

·    2013年入学:马明月(博士研究生)、余浩源、周婷

·    2014年入学:李希希(博士研究生)

·    2015年入学:陈宏斌(博士研究生)、Sidra Aslam(博士研究生)、兰欣然

·    2016年入学:倪志华(博士研究生)、赵俊鹏

进修教师、访问学者

讲授

·    “生科学概论”全校本科生公共选修课

·    “基组学”生命科学学院研究生课程

主持科研项目

1、 国家自然科学基金面上项目,从受体的角度研究细胞器基因向细胞核基因组转移的机制,60万元,2017年1月至2020年12月,项目批准号:31671321。

2、 北京师范大学自主科研基金项目, 真核生物编码蛋白质基因内部结构进化,35万元,2014年9月至2017年8月,项目编号:2014KJJCB18。

3、 国家自然科学基金面上项目, 基因组大小与内含子进化的比较研究,80万元,2014年1月至2017年12月,项目批准号:31371283。

4、 国家自然科学基金面上项目,近缘物种间和物种内内含子数目变异的进化机制,35万元,2011年1月至2013年12月 ,项目批准号:31071112。

5、 教育部“新世纪优秀人才支持计划”,50万元,2008年1月至2010年12月。

6、 国家自然科学基金面上项目,多细胞生物起源及其与癌发生的比较研究,18万元,2003年1月至2005年12月 ,项目批准号:30270695。

会服

·     基因组蛋白质组与生物信息学报(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)编委(2012-)。

·     为以下期刊评审稿件:Microbiology and Molecular Biology Reviews, Trends in Genetics, PLoS Genetics, Nucleic Acids Research, Molecular Biology and Evolution, Genome Biology and Evolution, Plant Journal, Bioinformatics, BMC Evolutionary Biology, BMC Genomics, Journal of Molecular Evolution, Molecular Genetics and Genomics, Genetica, Scientific Reports, PLoS ONE, Marine Genomics, Frontiers in Plant Science, Frontiers in Genetics, Hereditas, Current Genomics, Journal of Integrative Plant Biology, Cellular & Molecular Biology Letters, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Genes & Genomics, 科学通报、生物化学与生物物理进展、微生物学报、 生物物理学报、生物学通报等;评审稿件数量见附件

·     为一些部门评审项目论文:国家自然科学基金委员会、科技部863项目、教育部(优秀博士论文)、美国国家科学基金National Science Foundation奥地利Austrian Science Fund (FWF, Stand-alone Project)、以色列Ministry of Science, Culture and Sport (bi-national Israeli-French research program)、;

·     本校或其他兄弟院校评审学位论文

 

"The ultimate goal of scholarly scientific publishing (is) to advance our understanding of the natural world." (Alberts B et al. Reviewing peer review. Science 321: 15, 2008)

(注:论文版权分别属于不同出版社或作者,限非营利性个人使用 。这些论文被引用次数见我的ResearcherID B-6007-2008, http://scholar.google.com.cn/citations?user=p4HM9ywAAAAJ&hl=en&oi=ao)

  1. Ma MY, Lan XR, Niu DK (July 2016). Intron gain by tandem genomic duplication: a novel case in a potato gene encoding RNA-dependent RNA polymerase. PeerJ 4: e2272  [全文].https://doi.org/10.7717/peerj.2272.

  2. Ma MY, Che XR, Porceddu A and Niu DK (December 2015). Evaluation of the mechanisms of intron loss and gain in the social amoebae Dictyostelium. BMC Evolutionary Biology 15: 286 [全文] http://dx.doi.org/10.1186/s12862-015-0567-y.

  3. Ma MY, Zhu T, Li XN, Lan XR, Liu HY, Yang YF and Niu DK (May 2015). Imprecise intron losses are less frequent than precise intron losses but are not rare in plants. Biology Direct 10: 24. [全文] http://dx.doi.org/10.1186/s13062-015-0056-7.

  4. Jiang L, Li XN and Niu DK (June 2014). Higher frequency of intron loss from the promoter proximally paused genes of Drosophila melanogaster: Evidence consistent with delays in intron splicing as a selective force. Fly 8: 120-125 [全文] http://dx.doi.org/10.4161/fly.29489.

  5. Yang YF, Zhu T and Niu DK (April 2013). Association of intron loss with high mutation rate in Arabidopsis: Implications for genome size evolution. Genome Biology and Evolution 5: 723-733 [全文] doi: 10.1093/gbe/evt043.(研究论文) 本文得到F1000专家Victor Norris和John Herrick推荐为“Very Good.

  6. Zhu T and Niu DK (April 2013). Mechanisms of intron loss and gain in the fission yeast Schizosaccharomyces. PLOS ONE 8: e61683.[全文] doi:10.1371/journal.pone.0061683. (研究论文)

  7. Zhu T and Niu DK (March 2013). Frequency of intron loss correlates with processed pseudogene abundance: a novel strategy to test the reverse transcriptase model of intron loss. BMC Biology 11: 23. [全文]doi:10.1186/1741-7007-11-23 (研究论文)

  8. Niu DK and Jiang L (January 2013). Can ENCODE tell us how much junk DNA we carry in our genome? Biochemical and Biophysical Research Communications 430: 1340-1343.[全文](观点评论)

  9. Niu DK and Yang YF (May 2011). Why eukaryotic cells use introns to enhance gene expression: Splicing reduces transcription-associated mutagenesis by inhibiting topoisomerase I cutting activity. Biology Direct 6: 24 doi:10.1186/1745-6150-6-24. [全文](观点假说)

  10. Hou WR, Li M and Niu DK (October 2011). Counting citations in texts rather than reference lists to improve the accuracy of assessing scientific contribution. BioEssays 33: 724-727. [全文](研究论文)此文BioEssays专门Highlight了一下:Making a deeper impact: How to measure your actual scientific footprint? 国际同行的后续研究,"By asking authors to identify the key references in their own work, we created a data set in which citations were labeled according to their academic influence. Using automatic feature selection with supervised machine learning, we found a model for predicting academic influence that achieves good performance on this data set using only four features. The best features, among those we evaluated, were those based on the number of times a reference is mentioned in the body of a citing paper....One of our main results is that counting the number of times a paper is cited (countsInPaper_whole) is one of the best predictors of how influential a reference is. This confirms an earlier result by Hou et al. (2011, p. 726) who stated,... " 

  11. Zhang LY, Yang YF and Niu DK (December 2010). Evaluation of models of the mechanisms underlying intron loss and gain in Aspergillus fungi. Journal of Molecular Evolution 71:364-373. [全文](研究论文)

  12. Niu DK and Cao JL (August 2010). Nucleosome deposition and DNA methylation may participate in the recognition of premature termination codon in nonsense-mediated mRNA decay. FEBS Letters 584: 3509-3512.[全文](观点假说)

  13. Li N, Lv J and Niu DK (March 2009). Low contents of carbon and nitrogen in highly abundant proteins: Evidence of selection for the economy of atomic composition. Journal of Molecular Evolution 68: 248-255. [全文] (研究论文)

  14. Niu DK (November 2008). Exon definition as a potential negative force against intron losses in evolution. Biology Direct 3: 46 doi:10.1186/1745-6150-3-46. [全文] (观点假说)

  15. Lv J, Li N and Niu DK (October 2008). Association between the availability of environmental resources and the atomic composition of organismal proteomes: Evidence from Prochlorococcus strains living at different depths. Biochemical and Biophysical Research Communications 375: 241-246. [全文] (研究论文)

  16. Wang HF, Hou WR and Niu DK (June 2008). Strand compositional asymmetries in vertebrate large genes. Molecular Biology Reports 35: 163-169. [全文] (研究论文)

  17. Huang YF and Niu DK (May 2008). Evidence against the energetic cost hypothesis for the short introns in highly expressed genes. BMC Evolutionary Biology 8: 154. [全文] (研究论文)

  18. Li SW, Feng L and Niu DK (August 2007). Selection for the miniaturization of highly expressed genes. Biochemical and Biophysical Research Communications 360: 586-592. [全文] (研究论文) 我们这篇文章上倾注了大量心血,对研究结果也很满意。但此文投稿过程颇为曲折,历经多种期刊、无数次修改,见识了形形色色的审稿意见,当然从中我们也学到了很多。

  19. Niu DK (April 2007). Protecting exons from deleterious R-loops: a potential advantage of having introns. Biology Direct 2: 11. [全文] (观点假说)

  20. Feng L and Niu DK (February 2007). Relationship between mRNA stability and length: An old question with a new twist. Biochemical Genetics 45: 131-137. [全文] (研究论文)

  21. Wang HF, Feng L and Niu DK (March 2007). Relationship between mRNA stability and intron presence. Biochemical and Biophysical Research Communications 354: 203-208. [全文]. (研究论文) 很高兴,最近J. Biol. Chem.上发表的一篇实验论文证实了我们计算的结果,The half-life of KC mRNA was markedly prolonged when the primary transcript was obtained from a genomic clone containing three introns as compared with the half-life observed with sequence-identical KC mRNA derived from an intron-free cDNA construct….

  22. Hou WR, Wang HF and Niu DK (June 2006). Replication-associated strand asymmetries in vertebrate genomes and implications for replicon size, DNA replication origin and termination. Biochemical and Biophysical Research Communications 344: 1258-1262. [全文] (研究论文)

  23. Niu DK (November 2005). Low-level illegitimate transcription of genes may be to silence the genes. Biochemical and Biophysical Research Communications 337: 413-414. [全文] (观点假说)

  24. Niu DK, Hou WR and Li SW (June 2005). mRNA-mediated intron losses: Evidence from extraordinarily large exons. Molecular Biology and Evolution 22: 1475-1481. [全文 (研究论文)

  25. Song L, Niu DK, Lei L, Ou D, Gevrey M, Liu Y, Hou G and Lek S (2004). Predictive model of algal blooms in Dianchi Lake using artificial neural networks. The Japanese Journal of Phycology 52: S41-S47. (研究论文)

  26. Niu DK, Lin K and Zhang DY (September 2003). Strand compositional asymmetries of nuclear DNA in eukaryotes. Journal of Molecular Evolution 57: 325-334. [全文] (研究论文)

  27. Niu DK, Chen JK and Liu YD (March 2001). Margulis' theory on division of labor in cells revisited. Acta Biotheoretica 49: 23-28. [全文] (研究论文)

  28. Niu DK and Chen JK (1998). Origin of cancerous cells from tumour. Acta Biotheoretica 46: 379-381. [全文] (观点假说)

  29. Niu DK and Chen JK ( July 1997). Evolutionary advantages of cell specialization: Save and protect DNA. Journal of Theoretical Biology 187: 39-43. [全文] (观点假说)

  30. Niu DK, Wang MG and Wang YF (June 1997). Plant cellular osmotica. Acta Biotheoretica 45: 161-169. [全文] (观点假说)

  31. Niu DK and Wang YF (September 1995). Why animals have tumours. Acta Biotheoretica 43: 279-280. [全文] (观点假说) 第一作者现在自己认为此文中关于肿瘤的假说正确的可能性微乎其微,请读者慎重引用。

  32. 倪建福,周文麟,牛登科. (1995). 长穗偃DNA导入小麦后代变异系醇溶蛋白的研究。西北植物学报 15(5): 21-24(研究论文)

  33. 王鸣刚,牛登科. (1995). 小麦耐盐变体的筛选。II. 小麦耐盐细胞系的筛选及生理生化特性的分析。西北植物学报 15(5): 15-20(研究论文)

  34. 高清祥,王鸣刚,牛登科. (1995). 离体筛小麦变异系的研究。西北植物学报 15(8): 144-152 (研究论文)

  35. 裴新梧,倪建福,仲乃琴,牛登科. (1995). 用改缺体回交选育小麦──黑麦异代换系。甘肃农业科技 1995(5): 3-4(研究论文)

说明本人发表或与他人合作发表的观点假说类论文,只是提出一种前人没有注意到的可能性。发表此类论文的意义在于为相关研究人员提个醒

个人

·         20038月至今在北京师范大学生命科学学院工作,2003年9月至2008年8月任副教授,2008年9月至今任教授。

·         20011120038月在北京师范大学生命科学学院生态研究所做博士后研究。

·         20009月至20018月在法国国家研究部得资助下在法国国家研究中心(CNRS)-图卢兹第三大学(Universite Paul Sabatier, Toulouse III)的联合实验室CESAC做博士后合作研究。

·         19997月至200111月在中国科学院水生生物研究所进行博士后研究,200111月获得中国科学院副研究员任职资格。

·         19969月至19997月在武汉大学生命科学学院植物学专业学习,获理学博士学位。

·         19939月至19967月在兰州大学生物学系细胞生物学专业学习,获理学硕士学位。

·         19899月至19937月在河北大学生物学系微生物及生化专业学习, 获理学学士学位。

·         1971年生于河北农村。 

精彩、经典论文推荐今后我将自己看到的好的论文拿出来与大家分享, 请本实验室的同学关注详细推荐理由将出现在本人科学网的博客上,今后此处只列出标题。

内含子与进化

  1. 并不是所有看似有好处的东西都是有功能的。如何区分有功能还是仅仅有效果而已?Distinguishing between “function” and “effect” in genome biology

  2. 我们细胞核中的DNA都有用吗? 国际上特大型基因组项目ENCODE告诉读者,人类基因组中大部分序列都是有功能的。此篇博客介绍了我们对此发表的不同看法。至2013年三月,国际学术期刊上共发表四篇评论性文章,Eddy 2012; Niu and Jiang 2013; Graur et al. 2013; Doolittle 2013. 有人在博客中进一步表达了下面看法:“In my experience this is unusual since the critiques are all directed at how the ENCODE Consortium interpreted their data and how they misled the scientific community (and the general public) by exaggerating their results. Those kind of criticisms are common in journal clubs and, certainly, in the blogosphere, but scientific journals generally don't publish them. It's okay to refute the data (as in the arsenic affair) but ideas usually get a free pass no matter how stupid they are.” 这个问题反映出分子生物学家中普遍存在的一个错误观念。Detlef Weigel (Max Planck Institute for Developmental Biology)有这样的感慨:“I myself was brought up as a molecular biologist, and then reinvented myself as an evolutionary biologist about a decade ago; it did take me a few years before I had managed to divorce myself from the idea that if some cellular or molecular entity can do anything, that this certainly is not sufficient evidence for action of past selection!”

  3. 基因组进化,“Genomes Gone Wild: Weird and wonderful, plant DNA is challenging preconceptions about the evolution of life, including our own species.” 虽然这仅是一篇科普文章,关心基因组进化的朋友值得一看。需要说明的是,此文(及其引用的文献J. Pellicer et al., “The largest eukaryotic genome of them all?” Bot J Linn Soc, 164:10-15, 2010)称单子叶植物Paris japonica拥有地球上最大基因组(152.23pg, One picogram equals 978 megabases)。这一说法是有争议的。一些原生生物,如Dinoflagellates,基因组很大,已有185Gb的报道。

  4. 病毒的起源

  5. 内含子有什么用?

  6. 操纵子有什么用?

  7. 转录组RNA-seq数据分析方法。Nature Methods上的一篇综述,对准备做转录组分析的研究人员有参考价值,其中还介绍了不同可变剪接体的定量分析方法。

  8. 人类基因组中哪些列是干什么的?见《人类基因组中有什么?

  9. 人类基因组数据改了哪些观念、对生物医学有哪些影响?见《人类基因组测序的意义--重要文献推荐

  10. 真核生物是怎进化来的?详见《真核生物起源的奥秘:贡献远大于很多诺贝尔奖的发现步步逼近

  11. 尾索物Oikopleura dioica基因组测序结果改变基因组进化的观念,包括内含子进化。详见《小虫虫基因组测序揭示大问题

  12. 生物复性的进化。详见《生物复杂性=官场,上去了就下不来?

  13. 研究进需要考虑进化关系。详见《研究进化需要考虑进化关系

  14. 进化,需看哪些书,相信谁。详见《关于进化的争论,我们相信谁?

  15. Gilbert W: Why genes in pieces? Nature 1978, 271:501-501. 现在相信intron early的人越来越少了,反对intron early的人经常引用此文。其实intron early是在此论文基础上的其他论文(有Gilbert的,也有其他人的)明确提出的,后面的论文可以套用一句俗话来描述 :“真理之后,又往前迈进了一步”。这篇文章值得读一读。紧随其后的那些文章虽然结论很可能错了,但其中深刻的思路还是很值得借鉴的。看看高水平的科学家在遇到一些现象时会想到什么,思考一下自己能不能想到。这就是检验自己科研素质的最佳方式。对本科生来说,具备这种素质,一定要坚持下去,不管遇到挫折时别人怎样评价你。没有发现自己具备这一素质也没关系,你的研究生导师有责任培养你在这方面的素质。对博士已经或将近毕业的人来说,如果没有这素质,选择高校科研单位就要慎重了。

对生物学问题的定量思考

  1. Milo R, Jorgensen P, Moran U, Weber G, Springer M: BioNumbers--the database of key numbers in molecular and cell biology. Nucleic Acids Res 2009:doi:10.1093/nar/gkp1889. 此文应该成为经典论文,理由是:此前生物学中虽然也有一些定量的研究工作,但总起来说很零星。这篇论文的作者开始有意识地搜集细胞分子生物学数据,并尝试做了一个thought experiment,它标志着一个时代的开始。声明:人微言轻,错了也没关系,不妨大胆作此预言。

  2. 上面文的作者后来又发表了两篇文章,也是在宣传定量生物学的理念,介绍给大家:A feeling for the numbers in biology. PNAS 106: 21465–21471, 2009; Snapshot: Key numbers in biology. Cell 141: 1262-1262.e1. 另外,我们实验室,"内含子能量代价是否足以使长内含子被自然选择淘汰"(Evidence against the energetic cost hypothesis for the short introns in highly expressed genes. BMC Evolutionary Biology 8: 154,结果与讨论中的第二部分),也是根据常见生物学参数,通过计算回答生物学问题的一个尝试。我们的论文虽远不够经典,学习中作为一个例子还是可以的。

  3. Burton RF: Physiology by Numbers: An Encouragement to Quantitative Thinking, Second edition. Cambridge and New York: Cambridge University Press; 2000.

  4. Burton RF: Biology by Numbers: An Encouragement to Quantitative Thinking. Cambridge and New York: Cambridge University Press; 1998. 这两本书为大家提供了定量思考生物学问题的很多很好的例子,但很遗憾,似乎知道这两本书的人不多。亚马逊网站上连个读者书评都没有。我已经建议北师大图书馆购买了这两本书,感兴趣的网友可以借阅。

其他领域

  1. 真核生物是怎样起源的?除了线粒体和叶绿体外,真核生物很多特点的起源都没研究清楚,甚至没有满意的假说。最近Cell上一篇文章,提出对抗分子水平寄生生物(病毒、转座子等)可能是真核生物的细胞结构、染色体结构到基因表达的调控等诸多特征起源的进化动力。此文是从一个全新的角度思考真核生物的起源,非常值得关注。

  2. 人类基因组DNA功能元件百科全书完成。有评论说,“Unless you were in a science-free vacuum last week, you probably noticed the publication of over 30 ENCODE articles in a number journals.” 我也凑热闹写了一篇博客。另外,看到了一个介绍ENCODE的免费视频,竟然需要翻墙才能看到,请人帮忙下载了挂在这里

  3. 为什么原核生物转录和翻译偶联在一起?Roberts JW (2010) Syntheses that stay together. Science 328:436-437. 原核生物的转录和翻译是偶联在一起的,为什么呢?分子生物学教科书中给出的理由是只有转录和翻译同时进行,才有可能实现色氨酸操纵子的衰减调控(attenuator)。学习生物学要注意,教材(包括国际著名教材)中的很多说法都经不住深究,善于思考的同学应该能发现这些经不起推敲的说法。后来,有人提出转录和翻译同时进行是为了避免R-loop的形成(Why is transcription coupled to translation in bacteria?),这种说法至少在逻辑上没有漏洞,属于令人满意的假说。现在Science上发表了两篇原始研究论文,发现"Efficient binding and progression of ribosomes along mRNA increase the speed of RNA polymerase""prevents retraction of the emerging mRNA into RNA polymerase, and thus inhibits backtracking-associated pauses that slow RNA polymerase in the absence of the ribosome." 非专业研究此问题的同学,只要阅读我建议的这篇评述就够了。

  4. Fredrick K, Ibbs M: How the sequence of a gene can tune its translation. Cell 141: 227-229, 2010. 这篇论文不能算经典,它是一篇评述,介绍了Cell上刚发表的两篇亮点论文。这两篇论文的内容使我眼前一亮。如果你不是专门研究密码子偏好或者蛋白质翻译的,可以只看此评述,感兴趣再细读两篇原始论文。这是用生物信息学手段研究生物学问题的一流作品,值得学习呀。

  5. Moore A: What’s in a title? A two-step approach to optimisation for man and machine. BioEssays 32: 183–184, 2010. 审稿人是否愿意评审你的论文、读者是否会从众多论文中注意到你的大作,题目是关键。如何写出好的题目,BioEssays主编Andrew Moore告诉我们,“place the key concept of your paper near the beginning of the title and make your finding explicit”。这篇短文值得两读 ,读一遍再读一遍。

 

 

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College of Life Sciences, Beijing Normal University