Inferring phylogeny for a set of genomes of interest

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  Acinetobacter sp. ADP1   Aeropyrum pernix K1
  Agrobacterium tumefaciens str. C58   Aquifex aeolicus VF5
  Archaeoglobus fulgidus DSM 4304   Bacillus anthracis A2012
  Bacillus anthracis str. Ames   Bacillus anthracis str. Ames Ancestor
  Bacillus anthracis str. Sterne   Bacillus cereus ATCC 10987
  Bacillus cereus ATCC 14579   Bacillus halodurans C-125
  Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168   Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-2
  Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482   Bartonella henselae str. Houston-1
  Bartonella quintana   Bdellovibrio bacteriovorus HD100
  Bifidobacterium longum NCC2705   Bordetella bronchiseptica RB50
  Bordetella parapertussis 12822   Bordetella pertussis Tohama I
  Borrelia burgdorferi B31   Bradyrhizobium japonicum USDA 110
  Brucella melitensis 16M   Brucella suis 1330
  Buchnera aphidicola (Baizongia pistaciae)   Buchnera aphidicola str. APS (Acyrthosiphon pisum)
  Buchnera aphidicola str. Sg (Schizaphis graminum)   Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
  Candidatus Blochmannia floridanus   Caulobacter crescentus CB15
  Chlamydia muridarum   Chlamydia pneumoniae AR39
  Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX   Chlamydophila caviae GPIC
  Chlamydophila pneumoniae CWL029   Chlamydophila pneumoniae J138
  Chlamydophila pneumoniae TW-183   Chlorobium tepidum TLS
  Chromobacterium violaceum ATCC 12472   Clostridium acetobutylicum ATCC824
  Clostridium perfringens str. 13   Clostridium tetani E88
  Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129   Corynebacterium efficiens YS-314
  Corynebacterium glutamicum ATCC 13032   Coxiella burnetii RSA 493
  Deinococcus radiodurans R1   Desulfotalea psychrophila LSv54
  Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hilden   Enterococcus faecalis V583
  Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043   Escherichia coli CFT073
  Escherichia coli K12   Escherichia coli O157:H7
  Escherichia coli O157:H7 EDL933   Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 2558
  Geobacter sulfurreducens PCA   Gloeobacter violaceus PCC 7421
  Haemophilus ducreyi 35000HP   Haemophilus influenzae Rd KW20
  Halobacterium sp. NRC-1   Helicobacter hepaticus ATCC 51449
  Helicobacter pylori   Helicobacter pylori 26695
  Lactobacillus johnsonii NCC 533   Lactobacillus plantarum WCFS1
  Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403   Leifsonia xyli subsp. xyli str. CTCB07
  Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fi   Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601
  Listeria innocua Clip11262   Listeria monocytogenes str. 4b F2365
  Listeria monocytogenes strain EGD   Mesoplasma florum L1
  Mesorhizobium loti MAFF303099   Methanobacterium thermoautotrophicum str. Delta H
  Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661   Methanococcus maripaludis S2
  Methanopyrus kandleri AV19   Methanosarcina acetivorans str. C2A
  Methanosarcina mazei Go1   Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis str. k
  Mycobacterium bovis AF2122/97   Mycobacterium leprae TN
  Mycobacterium tuberculosis CDC1551   Mycobacterium tuberculosis H37Rv
  Mycoplasma gallisepticum R   Mycoplasma genitalium G-37
  Mycoplasma mobile 163K   Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1
  Mycoplasma penetrans HF-2   Mycoplasma pneumoniae M129
  Mycoplasma pulmonis UAB CTIP   Nanoarchaeum equitans Kin4-M
  Neisseria meningitidis MC58   Neisseria meningitidis serogroup A strain Z2491
  Nitrosomonas europaea ATCC 19718   Nostoc sp. PCC 7120
  Oceanobacillus iheyensis HTE831   Onion yellows phytoplasma OY-M
  Parachlamydia sp. UWE25   Pasteurella multocida Pm70
  Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1   Picrophilus torridus DSM 9790
  Pirellula sp. 1   Porphyromonas gingivalis W83
  Prochlorococcus marinus str. MIT 9313   Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP13
  Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1   Propionibacterium acnes KPA171202
  Pseudomonas aeruginosa PA01   Pseudomonas putida KT2440
  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000   Pyrobaculum aerophilum str. IM2
  Pyrococcus abyssi GE5   Pyrococcus furiosus DSM 3638
  Pyrococcus horikoshii OT3   Ralstonia solanacearum GMI1000
  Rhodopseudomonas palustris CGA009   Rickettsia conorii str. Malish 7
  Rickettsia prowazekii str. Madrid E   Rickettsia typhi str. wilmington
  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi   Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi
  Salmonella typhimurium LT2   Shewanella oneidensis MR-1
  Shigella flexneri 2a str. 2457T   Shigella flexneri 2a str. 301
  Sinorhizobium meliloti 1021   Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252
  Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476   Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
  Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2   Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
  Staphylococcus epidermidis ATCC 12228   Streptococcus agalactiae 2603V/R
  Streptococcus agalactiae NEM316   Streptococcus mutans UA159
  Streptococcus pneumoniae R6   Streptococcus pneumoniae TIGR4
  Streptococcus pyogenes M1 GAS   Streptococcus pyogenes MGAS315
  Streptococcus pyogenes SSI-1   Streptococcus pyogenes strain MGAS10394
  Streptomyces avermitilis MA-4680   Streptomyces coelicolor A3(2)
  Sulfolobus solfataricus P2   Sulfolobus tokodaii str. 7
  Synechococcus sp. WH 8102   Synechocystis sp. PCC 6803
  Thermoanaerobacter tengcongensis strain MB4   Thermoplasma acidophilum DSM 1728
  Thermoplasma volcanium GSS1   Thermosynechococcus elongatus BP-1
  Thermotoga maritima MSB8   Thermus thermophilus HB27
  Treponema denticola ATCC 35405   Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols
  Tropheryma whipplei str. Twist   Tropheryma whipplei TW08/27
  Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970   Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
  Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633   Vibrio vulnificus CMCP6
  Vibrio vulnificus YJ016   Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossin
  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster   Wolinella succinogenes DSM 1740
  Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306   Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33
  Xylella fastidiosa 9a5c   Xylella fastidiosa Temecula1
  Yersinia pestis biovar Medievalis str. 91001   Yersinia pestis KIM
  Yersinia pestis strain CO92
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